保存显微镜的地方温度低一些较好，如8℃至25℃左右即合适，昼夜温度不宜超过6℃。不可有直射阳光晒在装显微镜的柜子上，更不可直晒显微镜，室内宜干燥，相对湿度65-70%以下。潮湿是显微镜的大敌，它会使金属部分生锈，透镜胶合部分开胶，玻璃表面长霉等造成得大损失。当相对湿度超过70%时，为了吸湿，在放显微镜的柜子内应用烧杯等装大量胿胶或氯化钙等吸潮剂，氯化钙吸湿后会变糊状，应注意更换。胿胶在吸湿变色后，应取出在烘箱内烘干再用。
在热带、亚热带及沿海地区，由于气温高湿度大，光学元件如透镜、棱镜等表面常长霉或雾，它会使透射光量减小，降低分辨率，严重的完全不能使用。光学玻璃长的霉是空气中大量存在的曲霉和青霉。长霉的原因和条件是：玻璃上有霉菌孢子侵入，温度适宜霉菌生长（25℃-35℃），温度也合适（最适宜为相对湿度80-95%），有霉菌生长所须的营养物质如各种有机物，油垢、髒污、灰尘等。长霉后霉菌丝侵入到玻璃内部，看起来好像在透镜玻璃表面有些网纹，可是很难擦掉或根本擦不掉。
长雾指光学元件抛光面上有“雾水”一样的微滴。长的雾有油性、水湿性和油水混合性三种。长雾的原因有：仪器中油脂挥发或扩散到透镜表面上，光学元件未擦净或擦拭物太脏或含油太多，仪器环境太潮湿，光学玻璃稳定性太差而析出了无机盐，盐吸水后列成液滴。
对于使用者而言，要防止光学元件长霉或雾，主要是降低储存温度和湿度，此外要保持清洁。